分割した1期のデータファイルに仕訳を追加入力することは可能です。
ただし、1期のデータファイルに追加入力した仕訳によって残高が変更されても、その内容は分割した2期のデータファイルへ自動的には反映されません。
そのため、2期のデータファイルの開始残高を手動で修正してください。