『給与明細項目』の編集画面にて、支給形態を選択する「対象」欄にチェックがついていないことが原因と考えられます。
以下の手順で「対象」欄にチェックをつけたうえで、『給与明細入力』に項目が表示されるかご確認ください。


処理手順

※支給項目として「出張手当」を追加した例で手順をご説明いたします。
 

（1）『設定』-『給与明細項目』で項目を追加したタブ（本例では［支給］タブ）を開き、追加した項目（本例では「出張手当」）を選択して［編集（M）］をクリックします。

▼かんたん！給与／『設定』-『給与明細項目』-［支給］タブ

（2）《給与明細項目（支給）の編集》が表示されますので、「対象」欄で追加した項目を使用する支給対象形態にチェックをつけ、［登録（F8）］をクリックします。

▼《給与明細項目（支給）の編集》

以上で設定は完了です。『給与明細入力』にて、追加した項目が表示されるかご確認ください。

▼かんたん！給与／『給与』-『給与明細一覧』-『給与明細入力』