『台帳』-『得意先一覧』-［販売情報］タブの「税転嫁」欄で「外税（請求時）」に設定すると、締め請求書の作成時に消費税額が計算されます。

  

【補足】
既に登録済みの売上伝票の設定は、自動では変更されません。
今回の請求書から反映させる場合は、該当する売上伝票の「消費税」を「外税（伝票計）」から「外税（請求時）」に変更する必要があります。
『資料』-『売上資料』-『売掛元帳』で得意先を指定し、該当月を選択すると入力済みの伝票が一覧表示されますので、変更する伝票をダブルクリックで開いて変更してください。