『資料』-『決算』-『青色申告決算書』で「青色申告特別控除額」を650,000円に変更して登録してください。
▼かんたん!会計・青色申告/『資料』-『決算』-『青色申告決算書』

【補足】
『青色申告決算書』で「青色申告特別控除額」を650,000円に変更して[印刷(P)]をクリックすると、「電子申告しない場合の、青色申告特別控除額は55万円になります。紙に印刷して申告される場合、青色申告特別控除額は55万円に修正してください。このまま印刷しますか?」のメッセージが表示されます。
▼《MJSかんたん!会計》

e-Taxによる電子申告はせず、紙に印刷して郵送などで提出する場合は[いいえ(N)]をクリックして「青色申告特別控除額」を550,000円に修正してください。
電子申告する場合は[はい(Y)]をクリックし、印刷プレビューより「青色申告特別控除額」に650,000円と表示されることをご確認ください。
▼「所得税青色申告決算書(一般用)」プレビュー

この「よくあるお問い合わせ」はMJSシステムの利用に関するご説明をしたものです。
作成には十分留意していますが、説明による問題・不利益に関して弊社では何ら責任を負うものではありません。あらかじめ、ご了承ください。
株式会社ミロク情報サービスは、この「よくあるお問い合わせ」に記載されている内容に関し、特許権、商標権、著作権、その他の知的財産権を有する場合があります。
この「よくあるお問い合わせ」はこれらの知的財産権をお客様に許諾するものではありません。